党政管理部门
| 1 | 党委办公室 |
| 2 | 纪委（监察专员办公室）综合办公室 |
| 3 | 党委组织部（老干部办公室、党校） |
| 4 | |
| 5 | 党委宣传部（校史馆、新闻中心） |
| 6 | |
| 7 | |
| 8 | |
| 9 | 党委学生工作部（研究生工作部、武装部） |
| 10 | 党委保卫工作部 |
| 11 | 工会 |
| 12 | |
| 13 | 团委 |
| 14 | |
| 15 | 保卫处 |
| 16 | 财务处 |
| 17 | 发展规划与质量管理处 |
| 18 | 国际交流处（港澳台办公室） |
| 19 | 教务处 |
| 20 | 基建处 |
| 21 | 科技处（科技研究发展部） |
| 22 | 留学生管理办公室 |
| 23 | 人事处 |
| 24 | 审计处 |
| 25 | 校长办公室（信访办公室、法务办公室、校友联络处、教育发展基金会办公室、非学历教育管理办公室） |
| 26 | 学生处（招生办公室、毕业生就业指导中心） |
| 27 | 信息化办公室 |
| 28 | 研究生院（青岛研究院） |
| 29 | 资产与实验室管理处 |
| 30 | 采购与招投标管理中心 |
其他直属机构
| 1 | 上海海大资产经营有限公司 |
| 2 | 后勤中心 |
| 3 | 基础实验实训中心 |
| 4 | 图书馆（档案馆） |
| 5 | 校医院 |
教学部门
| 1 | 商船学院 |
| 2 | 交通运输学院 |
| 3 | 经济管理学院（亚洲邮轮学院、上海高级国际航运学院） |
| 4 | 物流工程学院（中荷机电工程学院） |
| 5 | 信息工程学院 |
| 6 | 外国语学院 |
| 7 | 理学院 |
| 8 | 海洋科学与工程学院 |
| 9 | 继续教育学院 |
| 10 | 高等技术学院、上海港湾学校 |
| 11 | 法学院 |
| 12 | 徐悲鸿艺术学院 |
| 13 | 马克思主义学院 |
| 14 | 体育教学部 |
| 15 | 国际教育学院 |
科研部门
| 1 | 物流科学与工程研究院（航运技术与控制工程交通行业重点实验室、物流研究中心、 电气自动化研究所、水运经济研究所、海洋文化研究所、海运情报网） |
| 2 | 海洋材料科学与工程研究院 |
